當前，大批企業開始進軍農村市場，特別是商業部“萬村千鄉工程”的實施，取得了顯著成效。但是，一些開發農村消費市場的企業認為，盡管國家對啟動農村消費很重視，但在基層，開拓市場的環境很不寬松，最為突出的各項稅費負擔加重，國家一些扶持政策在地方也有待落實，影響了企業開拓市場的積極性。
記者在山東省萊州市調查發現，原有的農村小商店需要繳納的稅收很少，而新的商業場所建立后，稅費普遍提高，包括增值稅、城市維護建設稅、教育費附加、地方教育附加費，房產稅、車船稅、印花稅等等。河南省鄧州市很多業戶反映，以前開個小賣店的時候，每年的工商管理費也就一二百元。改成連鎖超市以后，要錢的部門多了，負擔也重了。衛生部門的檢疫費、工商部門的管理費，都是以前的好幾倍。
新的農村商業場所的建立，普遍規范化和標準化，設施檔次提高，提升了農民的消費水平，但相應的一些運營成本也提高了。調查顯示，由于農村經濟還處于較低水平，農民消費能力有限，新的商業場所建立后，本身利潤就有限，成本稍微增加，就讓他們不堪重負。鄧州市張村鎮上營村廉價超市店主黃建洋說，每年的工商管理費800元、地方稅1000多元、國稅800元，辦一個衛生許可證260元，全年需各種稅費3000多元，可是這個店全年營業額僅有四五萬元，利潤不到一萬元，店里賺不了多少錢。
另外，由于一般的農家小店電費是農電，而新建的店是商業用電費用，電費負擔也比較沉重。河南鄧州構林鎮魏集村日化用口批零商魏俊儉介紹說，我們用電主要是照明，不是用來加工，但電價卻是村民生活用電的一倍。他的店年營業額在兩萬多元，利潤很微薄。
杭州華辰超市有限公司經濟師余傳明說，搞好萬村千鄉工程，關鍵是要建設配送中心，沒有配送中心，食品安全就是一句空話。但建設配送中心需要大量的前期投入，很多企業沒有能力建設。他以華辰為例說，建設倉庫購買50畝土地需要一千萬元，加上廠房建設、購買車輛等費用，需要較多的前期投入，現在商務部對企業建立針對農村市場的配送中心給予一定的貸款貼息，但支持力度不足，導致很多企業無力建設配送中心。政府有關部門應重視針對農村市場的配送中心建設，可由商務部提供擔保貸款，由地方政府監管貸款投放和使用，支持企業建設和改擴建配送中心。
四川省什邡市一些開拓農村市場的企業說，商業部在萬村千鄉工程中，對建設物流配送中心的企業有貸款貼息政策，地方也有配套資金，但按規定報上去了，卻一直落實不了。同時3%的貼息貸款也太少。而如果自己向銀行貸款，則需要抵押貸款，一般企業在物流配送中心建設過程中，土地已抵押，流動資金無法再抵。
